کوبالامین پس از ترکیب با فاکتور داخلی(IF) و تشکیل کمپلکس کوبالامین_IF;از بخش انتهایی ایلئوم جذب بدن شده،و ویتامین B12 مورد نیاز بدن را تامین می کند.فاکتور مزبور که به همراه اسید کلوئیدریک از سلولهای پاریتال معده ترشح می شود برای جذب ویتامین B12 ضروری است.
فقر غذایی به علت وفور کوبالامین در منابع گوشتی و مقادیر فراوان ذخایر ادنوزیل کوبالامین کبد(به میزان 1 میکرو گرم در گرم)، بجز در گیاهخواران عامل مهمی در کمبود ویتامین B12 نبوده و عوامل دیگری در کاهش آن دخالت دارند که مهمترین آنها به قرار زیر است:
1-کمبود فاکتور داخلی(IF) که موجب بروز نوع خاصی از کم خونی مگالوبلاستیک به نام Pernicious anemia می شود.
2-سندرم سوء جذب:بیماریهای سلیاک و اسپرو،بیماریهای التهابی روده و نیز متعاقب اعمال جراحی بخش انتهایی ایلئوم ;ترشح فاکتور داخلی(IF) از مخاط معده طبیعی بوده،و اختلال در جذب کمپلکس   IF_کوبالامین،عامل بیماری است.باید در نظر داشت که به علت جذب اسید فولیک در بخش ابتدایی روده کوچک و ذخایرکمتر آن در بدن ،کمبود فولات عامل مهمتری در بروز کم خونی است،تا کمبود کوبالامین.
3-نقص ارثی در جذب روده ای کوبالامین(سندرم Immerslund-Grasbeck);علی رغم مقادیر کافی کوبالامین و فاکتور داخلی.
4-در دسترس نبودن کوبالامین:از علل دیگر کمبود ویتامین B12 به رشد بیش از حد باکتری ها در حلقه های کور در روده(Blind loop syndrome)،و انگلهای خاص روده ای(fish worm)  می توان اشاره نمود که به علت رقابت با میزبان،منجر به کمبود کوبالامین در بدن می شوند.
5-آکلرئیدی(Aclorrhydria):به علت کاهش ترشح اسید کلرئیدریک و فاکتور داخلی از مخاط معده،و نیز متعاقب گاسترکتمی.